マイクロアレイ～コピー数変異（CNV）～

ヒト全染色体レベルのコピー数変異解析用途としてGeneChip HD Arrayによるマイクロアレイ解析のサービスをご提案いたします。

ISCA、Cancer Gene、X Chromosome、OMIMなどのデータベースからデザインされた260万以上のCopy Numberプローブで構成されており幅広いご研究でご使用いただけます
解析ソフトウェア（ChAS：Chromosome Analysis Suite）を用いてビジュアル化した解析画像データの取得が可能です
高解像度（平均マーカー間隔880bp）な遺伝子コピー数以上を検出できます
メーカー提供referenceデータ（※）との比較を行うため、referenceサンプルのご提供が不要です
※referenceデータ（多人種または日本人のみ）は目的に合わせてご選択いただけます
SNPマーカーもデザインされているためLOHの検出も可能です
Positive Controlを同時アッセイすることでFFPE由来サンプルの解析も可能（※）です
※クオリティチェックの結果、DNAの分解が基準を満たす場合に限ります

遺伝子発現	対応生物種 / マーカー数		特徴
CytoScan HD	ヒト	2,600,000以上	高解像度（平均マーカー間隔880bp）な遺伝子コピー数異常検出メーカー提供referenceデータとの比較を行うため、referenceサンプルの提供不要 referenceデータ（多人種or日本人のみ）は目的に合わせて選択可能 SNPマーカーもデザインされているためLOHの検出も可能
CytoScan 750K	ヒト	750,000以上	CytoScan HDから主要プローブ抜粋したアレイ設計低価格

コピー数マーカーの総数	2,696,550
・非多型マーカーの数	1,953,246
・SNPマーカーの数	743,304
遺伝子型を同定可能なSNPマーカーの総数	749,157
ゲノムビルド	hg19
常染色体マーカー	2,491,915
偽常染色体マーカー	4,624
遺伝子内マーカー	1,410,535
遺伝子間マーカー	1,286,015
マーカー間隔の平均（塩基対）
・遺伝子内　（以下のすべの遺伝子内）	880
ISCA consitutional genes	384
Cancer genes	553
OMIM Morbid genes	659
X chromosome OMIM Morbid genes	486
RefSeq genes	880
・遺伝子間　（非遺伝子バックボーン）	1,737
・全体　（遺伝子および非遺伝子バックボーン）	1,148
遺伝子カバー率　（25マーカー/100kb）
ISCA constitutional genes (340)	100%
Cancer genes (526)	100%
OMIM Morbid genes (2,640)	98%
X chromosome OMIM Morbid genes (177)	100%
RefSeq Genes (36,121)	96%